Das heutige Zentrum Kirchseeons entstand 1868, als die Eisenbahn von München nach Rosenheim gebaut wurde und im dichten Wald zwischen den Dörfern Kirchseeon und Eglharting eine Fabrik zur Herstellung der benötigten Schwellen errichtet wurde. Durch den Bau der Eisenbahnstrecke 1871 beschleunigte sich die Entwicklung von Kirchseeon erheblich. Der Staat erwarb damals 20 Tagwerk Grund für den Bau einer Imprägnieranstalt. Bahnhof und Fabrik bewirkten das Wachstum des Ortes. Zur Unterscheidung gegenüber Kirchseeon-Dorf nannte man die Siedlung am Bahnhof zunächst Kirchseeon-Station, später Kirchseeon-Bahnhof. 1882 wies sie bereits 26 Häuser und 184 Einwohner auf. Es gab zwei Wirtshäuser. 1877/78 hatte der Schulsprengel ein Schulhaus in Kirchseeon-Dorf erhalten, bis dahin mussten die Kinder nach Ebersberg und Zorneding laufen.
Eine Naturkatastrophe im Forst ließ die Einwohnerzahl in Kirchseeon 1889 sprunghaft anschwellen. Durch den Nonnenfalter und durch Wirbelstürme wurde über die Hälfte des Waldes vernichtet. Die Aufräumungsarbeiten verlangten einen riesigen Arbeitsaufwand. Bis tief in den Forst hinein bauten Pioniere eine „Waldbahn", um die riesigen Holzmengen fortzuschaffen. Viele Waldarbeiter sind damals in Kirchseeon sesshaft geworden.
1901 entstand das neue Schulhaus in Kirchseeon-Bahnhof. Es wurde im Laufe der Jahre dreimal vergrößert. Am 1. April 1939 wurde aus der bisherigen Gemeinde Eglharting, zu der Kirchseeon gehört hatte, die Gemeinde Kirchseeon gebildet. Eglharting gehört mit mehreren Neubaugebieten und Gewerbeansiedlungen zu den zukunftsträchtigen Gemeindeteilen Kirchseeons. Außer den beiden Orten Kirchseeon und Eglharting gehören noch die Dörfer Buch und Kirchseeon-Dorf sowie die Weiler Forst- und Osterseeon, Neukirchen, Ilching und Riedering zum Gemeindebereich. Gleichzeitig erhielt Kirchseeon durch Errichtung einer Pfarrkuratie kirchliche Selbstständigkeit. Dank seiner günstigen Verkehrslage entwickelte sich die Marktgemeinde zu einem von Wohnbebauung, Gewerbe und neuen Industriebetrieben geprägten Ort. Aufgrund der Entwicklung und dem eingetretenen Wachstum wurde die Gemeinde Kirchseeon am 25. Mai 1959 zum Markt erhoben. Zu der Zeit hatte Kirchseeon bereits über 4.000 Einwohner. Zwischen 1988 und 2018 wuchs der Markt von 7.272 auf 10.607 um 3.335 Einwohner bzw. um 45,9 Prozent. Ein Wachstum, das bis heute anhält.
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